卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
叙卷之上卷之下
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
序一序二序三卷之一一辨气二辨色三辨舌辨传经夹血夹脾虚夹肾虚夹亡血夹疝夹心胃痛夹哮喘卷之二表证发热恶寒寒热往来头痛头眩头胀头重目胀项强酸背痛酸腰痛酸膝痛酸胫腿痛酸足痛肩臂痛酸腕痛周身骨节酸痛身重自汗盗汗
武当淮河派丹丸膏散秘方
卷上四时正脉春夏秋冬中真脉厥阴所胜生病运气所胜司天所胜在泉所胜少阴所胜生病运胜天胜地胜太阴所胜生病运胜天胜地胜阳明所胜生病运胜天胜地胜太阳所胜生病运胜天胜地胜少阳所胜生病天胜地胜六气复而生病厥阴之复少
卷一九针原始歌九针式图并九针主治法歌行针次第手法歌行针分寸法歌十二经井荥俞经合原刺浅深歌五脏井荥俞经合歌六腑井荥俞原经合歌十二经表里原络总歌肺经表里原络穴主治歌大肠经表里原络穴主治歌脾经表里原络穴主治
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕
潘序黄序王序马评汤序马评吴序自序凡例重订凡例卷一痈疽总论部位论名烂溃不敛患孔毒根翻花起肛毒瓦斯攻心阴症门阴疽论阴疽治法流注甲疽井泉疽瘰小肠疽鹤膝风横乳岩贴骨疽骨槽风恶核痰核石疽善头鹅掌风鹅爪风冻疮阴疽