序序卷一太阳篇卷二阳明篇卷三少阳篇卷四太阴篇卷五少阴篇卷六厥阴篇
灵枢九针十二原第一法本输第二法地小针解第三法人邪气藏府病形第四法时根结第五法音寿天刚柔第六法律官针第七法星本神第八法民终站第九法野经脉第十经别第十一经水第十二经筋第十三骨度第十四五十营第十五营气第十六
洄溪医案
内容提要生理学合参卷一一、西医生理学脑血液皮肤消化器循环器呼吸器排泻器神经系五官器生殖器二、中医生理学五脏六腑此外病理学合参卷二一、热二、痛三、血四、呕吐五、谵语六、泻七、肿，胀八、汗九、头痛十、咳嗽
医学发明
序卷上医之可法或问手足太阳、手足阳明、手足少阳、俱会于首、然六阳会于首者、亦有阴乎经脉终始日用人肖天地问脾寄于坤如何．是损至第三．若从脾为．第二从肾为第四请言脾数明经络之数有几问三焦有几问脏腑有几伤寒
序新刻药鉴卷之一寒热温平四赋，增补东垣未尽之意药性（寒门）药性（热门）药性（温门）药性（平门）新刻药鉴卷之一用药分根梢制药资水火用药丸散例解药毒法用药生熟法药性阴阳论病症标本论取方之法论各经补泻及专主
序证治总纲治病须明阴阳虚实论治病必审四时用药说辨症订方必先审四诊记用药宜精审慎勿疏忽记胃为生化之源记保身可以却疾说侍疾应知论疟咳嗽记中风肿胀辨虚劳说幼科治验记胸胁腹痛肝胃气逆辨温热温疫辨
伤寒兼证析义
自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓