正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
卷上太阳方总论卷下阳明方总论少阳方总论太阴方总论少阴方总论厥阴方总论六经方余论
医闾先生集序卷首医闾先生集卷一医闾先生集卷三医闾先生集卷四医闾先生集卷五医闾先生集卷六医闾先生集卷之 【 之：衍文】 七医闾先生集卷八医闾先生集卷九书医闾先生集后
医家秘奥之脉法解
卷之一周身经穴赋十二经脉歌十二经本一脉歌经穴起止歌十五脉络歌经脉气血多少歌禁针穴歌禁灸穴歌血忌歌逐日人神歌九宫尻神歌太乙人神歌孙思邈先生针十三鬼穴歌长桑君天星秘诀歌马丹阳天星十二穴并治杂病歌四总穴歌千
卷上胎前恶阻子烦子悬子肿子满子气子喑子痫子淋子嗽子疟心腹痛腰胁痛下血尿血转胞胎气上逼脏躁胎动胎痛孤浆吐血伤寒痢疾泄泻霍乱伤食盅鸣堕胎胎不长鬼胎伤胎肠覃石瘕卷中产后难产胎衣不下血晕厥恶露不下恶露不绝血崩
卷一外治法手法总论手法释义器具总论经义击仆损伤应刺诸穴经义恶血已留复因怒伤肝经义击仆伤后入房伤脾经义击仆损伤脉色经义《灵枢经》骨度尺寸补遗卷二头面部巅顶骨囟骨山角骨凌云骨睛明骨两颧骨鼻梁骨中血堂唇口玉
自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
序一序二一卷 摄生类一、上古之人春秋百岁今时之人半百而衰二、上古圣人之教下三、古有真人至人圣人贤人四、四气调神五、天气清静藏德不止圣人从之故无奇病六、四时阴阳从之则生逆之则死七、不治已病治未病二卷
吴序恽序盛序程序自序凡例用药法程草部山草类人参丹参沙参元参苦参苍术白术甘草黄远志玉竹知母贝母秦艽白藓皮升麻柴胡前胡独活细辛防风羌活桔梗黄连胡黄连黄芩天麻龙胆草茅根延胡索地榆巴戟天肉苁蓉淫羊藿贯众金毛脊